Minija yra ilgiausia Vakarų Lietuvos upė, ištekanti iš Žemaitijos aukštumų ir nešanti savo vandenis į Nemuno deltą. Upė labai skirtinga savo aukštupyje ir žemupyje. Aukštupyje ji teka gražiu slėniu, srovė gan greita, vagoje daug akmenų. Tuo tarpu žemiau Gargždų upė patenka į Pajūrio žemumą, slėnis pamažu išnyksta, srovė labai sulėtėja. Minija savo žemupyje labiau primena Nevėžį ar kitas Vidurio ir Šiaurės Lietuvos lygumų upes.
Didesnė dalis Minijos baseino yra kairėje jos pusėje, ir patenka į drėgniausią Lietuvos regioną – priešvėjinį Žemaitijos aukštumų šlaitą. Dėl šios priežasties potvyniai čia kyla ir rudenį, žiemą, ne tik pavasarį – pakanka tik stipresnių liūčių.
Prieš kelis šimtmečius Minija tekėjo tiesiai į Kuršių marias, tačiau Nemuno deltos sąnašoms atskyrus seklią įlanką, Nemunas Minijos žiotis užgrobė, ir taip susidarė Krokų lanka. Todėl šiuo metu Minija laikoma Nemuno baseino upe, nors įteka ji likus vos kilometrui iki paties Nemuno žiočių.