Baltnugaris genys yra vienas rečiausių Lietuvos genių. Nuo kitų margųjų genių skiriasi – kaip ir sufleruoja rūšies pavadinimas – balta dėme nugaroje. Šis genys dažniausiai sutinkamas senuose lapuočių su ąžuolais miškuose, arba pelkėtuose juodalksnių-beržų miškuose. Dėl to baltnugaris genys dažnesnis Vidurio Lietuvoje, kur minėtų miškų yra daugiausiai.
